Мәшһүр Жүсіптің шығармашылық мұрасы бірнеше бағытты қамтиды.
Өлеңдері мен толғаулары. Ерте жастан өлең шығарған ақын халықты білімге, оянуға, бірлікке шақырды. «Хал-ахуал», «Тірлікте көп жасағандықтан көрген бір тамашамыз» жинақтарындағы өлеңдерінде қоғамдағы әділетсіздік, надандық, отаршылдық саясат ашық сыналады.
Публицистикасы. «Сарыарқаның кімдікі екендігі» (1907) — қазақ жерінің тарихи иесі халықтың өзі екенін дәлелдеген, жер мәселесін батыл көтерген алғашқы публицистикалық еңбектердің бірі. Осы кітабы үшін патша үкіметі ақынды бақылауға алды.
Тарихи-этнографиялық еңбектері. Үш жүздің шежіресі, ру-тайпалардың шығу тегі, батырлар мен билер туралы деректер, салт-дәстүр мен наным-сенім сипаттамалары — осының бәрі ақынның қолжазбаларында жүйеленген.
Фольклор жинаушылық. Ертегілер, аңыз-әңгімелер, тарихи жырлар, мақал-мәтелдер, жыраулар мұрасы — Мәшһүр Жүсіп жазып алмаған болса, бүгінге жетпеуі мүмкін еді. Асан қайғы, Бұқар жырау, Шортанбай сияқты тұлғалардың сөздері оның қолжазбалары арқылы сақталды.
Барлығы 30 томнан астам қолжазба мұрасы 2003–2013 жылдары 20 томдық академиялық жинақ ретінде жарық көрді.